Zmiany w przepisach dotyczących zwolnień lekarskich i kontroli ZUS w 2026/2027
5 marca, 2026Zasady rozliczania faktur zaliczkowych w KSeF: VAT, Zadatek i Faktura Pro Forma
25 marca, 2026W poprzednim artykule omówiliśmy zasady wystawiania faktur zaliczkowych, w tym wymagane informacje oraz sytuacje, w których ich wystawienie nie jest konieczne. Teraz przejdźmy do kolejnego ważnego tematu — rozliczania VAT przy zaliczkach. Skupimy się na tym, jak prawidłowo obliczać VAT od zaliczek, jakie zasady obowiązują przy obliczaniu podatku oraz jakie wyzwania mogą pojawić się podczas rozliczania zaliczek w praktyce.
Faktura końcowa po zaliczkach – pomniejszenie wartości i numery KSeF
Jeśli faktura zaliczkowa nie obejmuje całej zapłaty, to faktura wystawiona po dostarczeniu towaru lub wykonaniu usługi powinna uwzględniać pomniejszenie całkowitej wartości transakcji o wartość otrzymanych zaliczek. To oznacza, że wartość towaru lub usługi na fakturze końcowej powinna zostać zmniejszona o sumę zapłaconych wcześniej zaliczek, a podatek VAT należy skorygować o kwoty VAT wykazane w fakturach zaliczkowych.
W fakturze końcowej obowiązkowo muszą znaleźć się numery faktur zaliczkowych. Jeżeli faktury te zostały wystawione w systemie KSeF, należy wskazać odpowiednie numery KSeF faktur zaliczkowych. Jeśli natomiast faktury zaliczkowe zostały wystawione poza KSeF, konieczne jest podanie numerów tych faktur w odpowiednich polach faktury końcowej.
W przypadku, gdy wystawiono więcej niż jedną fakturę zaliczkową obejmującą całość zapłaty, ostatnia faktura zaliczkowa powinna zawierać numery wszystkich wcześniejszych faktur zaliczkowych, zarówno tych wystawionych w KSeF, jak i poza systemem KSeF.
Uzupełnienie danych w systemie KSeF:
- NrKSeFZN – w polu tym wpisujemy „1” w przypadku, gdy faktura zaliczkowa została wystawiona poza systemem KSeF. W takim przypadku należy również uzupełnić pole NrFaZaliczkowej, podając numer faktury zaliczkowej, która została wystawiona poza KSeF.
- NrFaZaliczkowej – jest to pole obowiązkowe, w którym wskazujemy numer faktury zaliczkowej (lub numer faktur), które muszą być uwzględnione w fakturze końcowej.
Jeśli faktury zaliczkowe zostały wystawione w systemie KSeF, uzupełniamy pole NrKSeFFaZaliczkowej. W takim przypadku pola NrKSeFZN oraz NrFaZaliczkowej są pomijane.
Warto pamiętać, że numer KSeF jest generowany automatycznie przez system i przesyłany w UPO (Urzędowe Poświadczenie Odbioru). Sprzedawca ma obowiązek przechowywać ten numer, ponieważ będzie on wymagany w przypadku wystawienia faktur korygujących lub faktur końcowych, jeśli wcześniej wystawiono faktury zaliczkowe.
Zerowa faktura końcowa – kiedy jest możliwa?
W przypadku, gdy faktura lub faktury zaliczkowe obejmują całość zapłaty, powstaje pytanie, czy można wystawić zerową fakturę końcową. Odpowiedź brzmi: tak, zerowa faktura końcowa jest dopuszczalna, ale nie jest obowiązkowa.
Zgodnie z interpretacją Dyrektora KIS z dnia 28 października 2020 r. (sygn. 0114-KDIP1-3.4012.476.2020.3.PRM), jeśli przed realizacją dostawy lub wykonaniem usługi zapłata została już dokonana w całości (np. za pomocą faktur zaliczkowych), faktura końcowa może zostać wystawiona jako dokument potwierdzający zakończenie transakcji i pełną zapłatę. W takim przypadku podatek VAT w tej fakturze końcowej zostanie „wyzerowany”, co oznacza, że kwota VAT nie zostanie naliczona.
Zerowa faktura końcowa:
- Jest nieobowiązkowa w pliku JPK_VAT – nie trzeba jej przesyłać w strukturze JPK_VAT.
- Nie musi być wysyłana do systemu KSeF, co oznacza, że nie podlega obowiązkowi przesyłania w formie e-faktury.
Należy jednak zaznaczyć, że faktura końcowa, mimo że jest fakultatywna, może stanowić dodatkowy dokument potwierdzający pełne wykonanie usługi lub dostawę towaru oraz pełną zapłatę, co może być przydatne zarówno dla sprzedawcy, jak i nabywcy, szczególnie w przypadku rozliczeń i kontroli podatkowych.
Jak prawidłowo dokumentować transakcję, gdy zaliczka została wpłacona w tym samym miesiącu, w którym miała miejsce dostawa towaru lub wykonanie usługi?
Jeśli zapłata zaliczki i realizacja dostawy lub usługi miały miejsce w tym samym miesiącu, podatnik ma prawo (ale nie obowiązek) wystawić jedną fakturę. To jest korzystne, ponieważ upraszcza proces księgowy — nie trzeba wystawiać dwóch faktur: zaliczkowej i końcowej.
W takim przypadku wystarczy wystawić jedną fakturę rozliczeniową, uwzględniającą całość wartości transakcji. Nie ma potrzeby wystawiania oddzielnej faktury zaliczkowej, co jest wygodne, gdy zapłata i realizacja usługi lub dostawy miały miejsce w tym samym okresie.
Ważne: Choć podatnik ma możliwość wystawienia jednej faktury, gdy zapłata zaliczki i realizacja świadczenia miały miejsce w tym samym miesiącu, nie jest to obowiązkowe. Jeśli chce, może wystawić zarówno fakturę zaliczkową, jak i fakturę końcową.
Wyjątki od zasady wystawiania faktur zaliczkowych
Istnieją jednak wyjątki, które sprawiają, że mimo zapłaty zaliczki i realizacji usługi lub dostawy w tym samym miesiącu, nie zawsze można zrezygnować z wystawienia faktury zaliczkowej. Chodzi o sytuacje, w których terminy wystawiania faktur są określone w innych przepisach. W takich przypadkach, niezależnie od tego, kiedy zapłata została dokonana, obowiązkowe jest wystawienie faktury zaliczkowej.
W takich przypadkach nie ma możliwości rezygnacji z wystawienia faktury zaliczkowej, gdy zaliczka została wpłacona na poczet:
1) usługi budowlanej świadczonej na rzecz podatnika,
2) dostawy książek drukowanych na rzecz podatnika,
3) usługi drukowania na rzecz podatnika,
4) dostaw energii elektrycznej, cieplnej lub chłodniczej oraz gazu przewodowego,
5) świadczenia usług telekomunikacyjnych, wymienionych w poz. 24–37, 50 i 51 załącznika nr 3 do ustawy o VAT,
6) najmu, dzierżawy, leasingu lub usług o podobnym charakterze,
7) ochrony osób oraz usług ochrony, dozoru i przechowywania mienia,
8) stałej obsługi prawnej i biurowej,
9) dystrybucji energii elektrycznej, cieplnej lub chłodniczej oraz gazu przewodowego,
10) dostawy opakowań zwrotnych.
Sprawdź inne wyjątki - Faktury zaliczkowe w systemie KSeF: Przewodnik po wystawianiu i rozliczaniu
Kiedy konieczna jest korekta faktury zaliczkowej wystawionej wcześniej niż 60 dni przed otrzymaniem zaliczki?
Zgodnie z przepisami, faktura zaliczkowa nie może być wystawiona zbyt wcześnie. Maksymalny okres wyprzedzenia to 60 dni przed otrzymaniem zaliczki lub wykonaniem usługi lub dostawy. Jeśli faktura została wystawiona za wcześnie (ponad 60 dni przed zapłatą), konieczna będzie jej korekta.
W przypadku, gdy wpłata nie nastąpiła w zakładanym terminie, należy wystawić korektę faktury, aby prawidłowo rozliczyć obowiązek podatkowy.
Podsumowanie:
Artykuł omawia zasady rozliczania VAT w fakturach zaliczkowych po wprowadzeniu KSeF, w tym obliczanie podatku, wystawianie faktur końcowych, zerowych oraz korekt. Zawiera również wskazówki dotyczące sytuacji, kiedy zaliczka została zapłacona przed dostawą oraz wymogi związane z różnymi branżami, które mają szczególne przepisy w tym zakresie.
Zachęcamy do śledzenia kolejnych artykułów i zgłębiania zagadnień KSeF krok po kroku!
Skontaktuj się z nami
Nasz zespół doświadczonych specjalistów jest do Państwa dyspozycji